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小智一行人在大樹下打盹時，頑皮的波克比卻沒有和大夥一起入睡而跑出去玩耍；為了尋找走失的波克比，皮卡丘和所有的神奇寶貝們開始四處走動，卻忽然掉進地鼠的大洞！原來這大洞通往『神奇寶貝谷』。在探險與搜尋的途中牠們一起來到一個巨大的樹林中，在裡面遇見了電擊怪，還認識了一大堆的新朋友。就在大家終於找到波克比和第六顆蛋蛋，而一起玩的很開心的此時，突如其來的一陣強烈暴風雨，卻讓大夥陷入困境！神奇寶貝們要如何攜手合作，安然度過這場暴風雨呢？

皮卡丘（小智的）
波克比（小霞的）
妙蛙種子（小智的）
傑尼龜（小智的）
可達鴨（小霞的）
瑪力露（小建的）
毛球（小建的）
芭瓢蟲
電擊怪
蛋蛋
椰蛋樹
卡比獸