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在地底的深處，有一座美麗的鑽石礦國，並由小碎鑽守護著，裡面有個巨大的「神聖鑽石」，是維持著這個國家能源重要的聖物，做出這個神聖鑽石的，正是這個國家的公主 蒂安希，神聖鑽石的力量已經逐漸要消失了，於是蒂安希與小智一行人必須要找到生命寶可夢之稱的「哲爾尼亞斯」，透過牠的力量來讓神聖鑽石繼續運作下去，但是邪惡的盜賊們卻在途中出現，並且想要奪取 蒂安希的能力，而此時有消滅生命之稱的「伊裴爾塔爾」也出現在小智一行人面前，到底小智一行人是否有辦法成功與蒂安希守護鑽石礦國呢？

　　

　　
蒂安希： 鑽石礦國的公主，為了能獲得創造出維持國家能量之「神聖鑽石」，踏上尋找哲爾尼亞斯的旅程。
伊裴爾塔爾：曾在卡洛斯地方造成毀滅性破壞的「寶可夢」，據說牠會奪取他人性命。此刻正在「破壞之繭」中沉睡。
哲爾尼亞斯： 被稱為是「生命寶可夢」，據說能夠賦予人類和寶可夢生命。

　　　
瑪麗伶‧芙烈姆：她企圖奪走蒂安希的鑽石。她似乎也是一名鼎鼎大名的大盜。
忍者‧萊爾特：想要搶奪蒂安希的力量進而得到鑽石，和瑪麗伶‧芙烈姆似乎也有不尋常的關係。
阿爾蓋斯‧大盜： 擁有一台大型飛行艇，最喜歡吃巧克力。對蒂安希的力量似乎也有很大的興趣。
彌莉絲‧大盜： 阿爾蓋斯的女兒，從從火箭隊手中救出被抓走的蒂安希。但是動機其實並不單純…？！

　
　

從本作開始，「寶可夢電影」的標題改至「Pokémon the movie」。
這部劇場版登場反派角色最多，共四位。