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回到原點，再次體驗最初的感動。

原本應該到大木研究所領取要成為自己夥伴的寶可夢的小智，因為睡過頭，等他抵達時只剩一隻不喜歡人類的皮卡丘。儘管兩人相處有些衝突，但卻也慢慢建立起友誼。在決定外出旅行的那天，他們看見傳說的寶可夢──鳳王在天際翱翔。小智與皮卡丘拿著虹色之羽立下誓言──「總有一天，我們會一起去見牠！」
於是，小智為了成為世界第一的寶可夢大師，和皮卡丘一起展開了旅程。他們在途中遇見訓練家誠子以及宗次，並聽到了有關鳳王的傳說。「受到紅色之羽的引導，見到鳳王的人，就會成為彩虹勇士。」在不知何時潛入小智影子裡的神秘寶可夢──瑪夏多的引導下，小智一行人前往鳳王棲息的天青山，此時卻出現了一名強敵！
他們倆是否能如願見到鳳王？為了實現啟程那天所立下的誓言，兩人現在，即將展開成為「真正的夥伴」的冒險！

　　

　　　　　
鳳王：身上的環擁有將物品或東西從別的空間拉出來，可穿越空間的限制，任何東西都可以叫得出來，解放型態則身上的環也跟著增加。但是自己無法從自己的環做空間穿越
瑪夏多：她在創世之谷照顧著胡帕，是巴爾札的妹妹。
宗次：他是梅雅利的哥哥，和梅雅利一起在創世之谷照顧著胡帕。
誠子：巴爾札和梅雅利的曾祖父。100年前，他將大肆破壞的胡帕用懲戒之壺封印。
克羅斯：他是梅雅利的哥哥，和梅雅利一起在創世之谷照顧著胡帕。
梵爺：巴爾札和梅雅利的曾祖父。100年前，他將大肆破壞的胡帕用懲戒之壺封印。

　
　

本片第一張宣傳海報為杉森建繪製。[2]，而第二張特別版宣傳海報為言葉之庭的海報作者四宮義俊繪製。
本作使用的標題為全新設計，並延用至之後的作品。
根據導演湯山邦彥所述這部電影與動畫首作所處世界為不同世界。[4]。因此一些原本動畫中寶可夢的出身有變動，部分原動畫首作中與遊戲中相差很遠的動畫角色修改為了遊戲中的樣子。
從本作開始也不再讓同期動畫的小智一行人及其寶可夢作為電影的主角。
寶可夢電影在台灣也正式由神奇寶貝更名至精靈寶可夢。 巴大蝶的劇情改編自動畫首作的收服寶可夢！，武士少年的挑戰！和再見了，巴大蝶；小火龍的劇情來自走失的小火龍；電影結尾復刻了再見和啟程，小智與小剛小霞分離的劇情，故電影片頭製作人員列表中有寫到一部分劇本的負責人員為已去世的首藤剛志。